口服红霉素最常见的不良反应是胃肠道不适并与剂量有关。不良反应包括恶心、呕吐、腹痛、腹泻和厌食。肝炎、肝功能异常和肝功能试验结果异常可能发生。在用药期间和用药后可能引起假膜性结肠炎。红霉素偶可有室性心律失常，包括室性心动过速、延长QT期间等。变态反应有荨麻疹、过敏症。皮肤反应有轻度皮疹、多形红斑、斯蒂文斯—约翰逊综合症，偶有毒性表皮坏死的报告。偶有可逆性听力丧失，多发于肾功能障碍和服高剂量药物的患者。已有口服本品后，发生肝功能障碍的报告，包括肝酶增加、黄疸或无黄疸肝炎。